Shell：系统环境变量

Linux 是一个多用户的操作系统。每个用户登录系统后，都会有一个专用的运行环境。 通常每个用户默认的环境都是相同的，这个默认环境实际上就是一组环境变量的定义。环境变量是全局的，设置好的环境变量可以被所有当前用户所运行的程序所使用。 用户可以对自己的运行环境进行定制，其方法就是修改相应的系统环境变量。

环境变量有很多，需要重点理解的就是 PATH 。

比如说：bwa软件就没有添加到环境变量，所以需要用全路径，指明使用电脑里面什么地方的bwa软件来做数据分析，而 samtools 我已经添加到环境变量了，所以可以直接调用。

而把安装好的软件添加到环境变量的方法有：

第一种方法

$ export PATH=/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH  ## 先添加
$ echo $PATH 

上述方法的 PATH 在终端关闭后就会消失。所以还是建议通过编辑 /etc/profile 来改 PATH ，也可以修改家目录下的 .bashrc (即：~/.bashrc )。只不过通常情况下普通用户都是修改自己目录下的 .bashrc 文件。

第二种方法

$ vim /etc/profile
# 在最后，添加:
export PATH="/usr/local/webserver/mysql/bin:$PATH"
# 保存，退出，然后运行：           
$ source /etc/profile，不报错则成功。

当然，还有很多其它的环境变量，如下：

PATH：        决定了shell将到哪些目录中寻找命令或程序
ROOTPATH:     这个变量的功能和PATH相同，但它只罗列出超级用户（root）键入命令时所需检查的目录。
HOME：        当前用户主目录
USER:         查看当前的用户
LOGNAME：     查看当前用户的登录名。
UID：         当前用户的识别字，取值是由数位构成的字串。
SHELL：       是指当前用户用的是哪种Shell。
TERM ：       终端的类型。
PWD           当前工作目录的绝对路径名，该变量的取值随cd命令的使用而变化。
MAIL：        是指当前用户的邮件存放目录。
HISTSIZE：    是指保存历史命令记录的条数
HOSTNAME：    是指主机的名称，许多应用程序如果要用到主机名的话，通常是从这个环境变量中来取得的。
PS1：         是基本提示符，对于root用户是#，对于普通用户是$，也可以使用一些更复杂的值。
PS2：         是附属提示符，默认是“>”。可以通过修改此环境变量来修改当前的命令符，比如下列命令会将提示符修改成字符串“Hello,My NewPrompt :) ”。# PS1=" Hello,My NewPrompt :) "
IFS：         输入域分隔符。当shell读取输入时，用来分隔单词的一组字符，它们通常是空格、制表符和换行符。

大部分并不需要背诵，我们要学会的其实是搜索技巧，碰到陌生的知识点，用于搜索。

转自 - 生信技能树 (链接不知道去哪里了！)

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